В целях усиления роли и значения медицинской профилактики в реализации комплексных программ по борьбе с наркоманией, венерическими болезнями, первичной профилактики основных социально значимых заболеваний распоряжением главы администрации от 08.10.1996 № 527–р дом санитарного просвещения реорганизован и переименован в муниципальное унитарное предприятие «Нефтеюганский центр медицинской профилактики», с 25.05.2004 – муниципальное учреждение здравоохранения, с 29.12.2011 - муниципальное бюджетное учреждение здравоохранения «Центр медицинской профилактики». С 2013 года учреждение перешло в ведомство автономного округа: 27.11.2013 – бюджетное учреждение Ханты-Мансийского автономного округа – Югры «Нефтеюганский городской центр медицинской профилактики»; с 18.07.2014 – филиал бюджетного учреждения Ханты-Мансийского автономного округа – Югры «Центр медицинской профилактики».  

Первым главным врачом Дома санитарного просвещения была назначена Чернявская Нина Евграфьевна. С июля 1984 года Дом санитарного просвещения возглавлял санитарный врач Фридман Владимир Элевич. В сентябре 1997 года Центр медицинской профилактики отпраздновал новоселье в новом здании. С сентября 1997 года руководителем стала Качур Лидия Ивановна, с 12 июня 2001 года - Мухина Надежда Павловна, с 2 июня 2004 года - Бородина Татьяна Сергеевна, которая возглавляет учреждение и по сегодняшний день.

Целью деятельности учреждения является повышение уровня здоровья населения, предметом деятельности - гигиеническое обучение и воспитание населения по формированию здорового образа жизни. Центр осуществляет следующие виды деятельности: гигиеническое воспитание населения; разработка, тиражирование и распространение наглядной информации по гигиеническому воспитанию населения, пропаганде здорового образа жизни, профилактике заболеваний; взаимодействие со средствами массовой информации по гигиеническому воспитанию населения, участие в проведении организационно-методической работы по профилю деятельности учреждения, консультирование по вопросам здорового образа жизни граждан; изготовление и распространение санитарно-просветительских материалов; услуги по разработке местных программ гигиенического воспитания и оздоровления населения, другое. Одним из приоритетных направлений деятельности центра продолжает оставаться работа по профилактике заболеваний и укреплению здоровья детей, подростков и молодежи. Центр активно сотрудничает с образовательными учреждениями города. Ежегодно организует и проводит на своей базе семинары для заместителей директоров школ, психологов, социальных педагогов по оздоровительной работе с молодежью. Внедрена и широко используется такая форма работы, как видеолектории, которые систематически демонстрируются на местных каналах телевидения. С 2001 года МУЗ «ЦМП» являлся базовой площадкой для развития волонтерского движения в городе. Центр использует такую форму работы, как акции профилактической направленности: профилактика ВИЧ-инфекции, гепатитов, инфекций, передаваемых половым путем, туберкулеза, профилактика употребления психоактивных веществ, пропаганда донорства и др.