Первоосновой музейных фондов стала уникальная археологическая коллекция музея, сформированная в ходе раскопок древнего городка Эмдер - средневекового поселенческо-погребального комплекса на реке Ендырь. С 2003 года музей стал муниципальным учреждением "Музейно-культурный центр", с 2009 года – Муниципальное автономное учреждение "Музейно-культурный центр". Первым директором была Иноземцева Наталья Альфредовна. 5 сентября 2008 года состоялось торжественное открытие Центра культуры малочисленных народов Севера, основная цель которого – сохранение и развитие национального художественного творчества коренных народов Севера. Музейно-культурный центр имеет два экспозиционных зала. Основные направления музея – научно-исследовательские, краеведческие, экспозиционно-выставочные, экскурсионные, методические и образовательно-воспитательные работы, основанные на научном комплектовании фондов. В рамках экспозиционно-выставочной деятельности сотрудники музея организуют и проводят тематические, событийные, персональные и передвижные выставки. С 2009 года музей возглавляет Раянова Альфия Равкатовна.