На основании решения IV сессии 21 созыва Нефтеюганского городского Совета народных депутатов от 05.02.1991 Нефтеюганский городской государственный архив был преобразован в архивный отдел горисполкома. Архивный отдел осуществлял функции городского архива, в своей деятельности подчинялся как городскому исполкому, так и архивному отделу облисполкома. Распоряжением от 24.02.1997 № 102-к администрации муниципального образования город Нефтеюганск архивный отдел преобразован в комитет по делам архивов администрации города с осуществлением функции Нефтеюганского городского архива. В соответствии с изменением структуры администрации по новому штатному расписанию с 01.01.2008 комитет по делам архивов был реорганизован в отдел по делам архивов и стал структурным подразделением департамента по делам администрации.
Первым руководителем архива была Мазуренко Мария Семеновна, с 1970 года - Каневская Александра Михайловна. Первое поступление документов на государственное хранение произошло 20.05.1974, тогда был открыт первый фонд «Нефтеюганский городской Совет депутатов трудящихся и его исполнительные комитеты». Впервые приняты документы личного происхождения на хранение от Героя Социалистического Труда В.Е. Пяткова 05.06.1987. Работа по тематической разработке фондов началась с 1981 года. В 2008 году прошло разделение фондов между архивами города Нефтеюганска и Нефтеюганского района.
Первое архивохранилище архива находилось в подвальном помещении Нефтеюганского горисполкома, с мая 1992 года горархив получил новое приспособленное помещение по адресу 13 мкр., дом 7, в 2005 году архив переехал в отдельно стоящее трехэтажное здание по адресу 6 микрорайон, дом 81.
Большой вклад в решение архивных задач внесли: Гуляева Любовь Николаевна - директор архива с 1977 по 1988 год, специалисты Грицак Ольга Михайловна - с 1992 по 2008 год, Дегтярь Ирина Васильевна - с 1992 по 1996 год, Бойко Анна Петровна - с 1995 по 2008 год, Коробейникова Елена Владимировна - с 1992 по 2001 год, Щеулова Алена Тарасовна - с 1999 по 2003 год, Ермакова Анна Сергеевна - с 2001 по 2007 год. С 1988 по 2008 год директором архива была Баденко Антонина Яковлевна. За высокие результаты работы А.Я. Баденко в 2002 году было присвоено звание «Почетный архивист РФ», ее имя вписано в энциклопедический сборник «Лучшие люди России». В 2008-2013 годы работу архива возглавляла Журавлева Лариса Анатольевна, 2013-2014 годы – Лексина Карина Евгеньевна, с 2014 года по настоящее время начальником отдела по делам архивов является Волокитина Наталья Владимировна, которая имеет стаж архивиста города Нефтеюганска с 2003 года и за эти годы, пройдя путь от специалиста до руководителя, знает все тонкости и нюансы архивной работы.
На сегодняшний день отдел по делам архивов департамента по делам администрации успешно выполняет поставленные перед ним задачи: выполнение плановых заданий, внедрение нормативных правовых актов РФ и Ханты-Мансийского автономного округа – Югры по развитию архивного дела на территории города Нефтеюганска, решений, постановлений и методических указаний Федерального архивного агентства, решений Коллегии Службы по делам архивов Ханты-Мансийского автономного округа - Югры, исполнение постановлений главы города, дальнейшее совершенствование работы с ведомственными архивами. Ежегодно специалисты архива достигают высоких результатов по выполнению основных архивных функций: комплектование, учет, хранение и использование архивных документов.
Важным направлением деятельности архивистов является использование хранящихся документов для изготовления архивных справок в рамках осуществления документального обеспечения социальных прав и гарантий граждан. Исполняя социально-правовые и тематические запросы, связанные с социальной защитой граждан, предусматривающие их пенсионное обеспечение, а также получение льгот и компенсаций в соответствии с законодательством РФ, за 2017 год работниками отдела было подготовлено около 8 тысяч архивных справок, архивных копий и выписок. В СМИ города систематически публикуются статьи, размещаются видеоролики, отражающие работу архивистов, проводятся выставки, экскурсии для жителей города Нефтеюганска.
Сегодня коллектив работников архива – это опытные, ответственные специалисты высокого профессионального уровня. Показатели работы коллектива стабильно высокие, планы - далеко идущие. На сегодняшний день городской архив хранит архивные документы более чем 300 организаций, на полках хранилища зарегистрировано более 65 тысяч архивных дел, в которых собраны учредительные документы организаций, приказы, планы, протоколы, отчеты. Более 3,5 тысяч фотодокументов составляют историческую фотолетопись становления города. 120 горожан доверили архиву хранение личные документы, среди которых автобиографии, воспоминания, удостоверения о наградах, документы трудовой деятельности. 12 фондов личного происхождения таких как: «Герои социалистического труда», «Участники Великой Отечественной войны 1941-1945 гг.», «Заслуженные работники культуры», «Знатные труженики города и почетные граждане города» «Воины-интернационалисты» и другие постоянно пополняются новыми документами. Все эти документы проверены, поставлен на учет каждый лист, бережно размещены в строго отведенном месте, чтобы в любой момент можно было найти необходимую информацию. Именно в своей совокупности архивные документы отражают материальную и духовную жизнь города и его жителей.
Храня историю прошлого и применяя в своей работе современные достижения новых технологий, Нефтеюганский городской архив способствует сохранности и популяризации архивной информации и делает архив ближе к пользователю.