Образовано в 1988 году на базе предприятий производственного объединения «Башнефть», работающих на территории Когалыма с 1985 года. Оно было образовано в 1988 году как производственное объединение «Когалымнефтегаз». Занималось геологоразведкой, разработкой, бурением, освоением и эксплуатацией месторождений Когалымского региона, добычей нефти и газа, производством и реализацией продуктов нефтепереработки, капитальным строительством объектов промышленности и инфраструктуры. В 1991 году вошло в состав нефтяной компании «ЛУКОЙЛ». В 1995 году был образован Западно-Сибирский филиал нефтяной компании – ООО «ЛУКОЙЛ-Западная Сибирь» с центром в Когалыме. С тех пор территориально-производственное предприятие «Когалымнефтегаз» наряду с нефтяными предприятиями Урая, Лангепаса и Покачей, является его структурным подразделением.