Первым директором детского дома стала Игуменова Татьяна Афанасьевна. Для размещения Детского дома «Берегиня» было передано здание детского сада «Золотой петушок», которое было приспособлено под проживание детей-сирот и детей, оставшихся без попечения родителей. В 1999 году введено в эксплуатацию капитальное здание столовой на 40 мест, построено и оборудовано помещение столярной мастерской для мальчиков и швейной мастерской для девочек. В целях формирования у воспитанников детского дома навыков ведения домашнего хозяйства был разработан земельный участок. В 2000 году в детском доме была создана социально-психологическая служба, призванная помочь ребенку адаптироваться в трудной жизненной ситуации. С 2003 года и по настоящее время учреждением руководит Емелина Татьяна Анатольевна. Под ее руководством было введен в эксплуатацию новый спальный корпус, что позволило значительно улучшить условия проживания воспитанников и условия труда многих специалистов. В начале 2009 года было открыто еще два отделения: отделение дневного пребывания и консультативное отделение. В это же время на базе Центра начала свою работу инновационная технология социальной работы – «Участковая социальная служба». В 2009 году Емелина Татьяна Анатольевна - лауреат в номинации «Лучший директор учреждения социального обслуживания семьи и детей» - награда Департамента труда и социальной защиты населения Ханты-Мансийского автономного округа - Югры. С 2010 года Центр является ресурсным (базовым) учреждением по опытно-экспериментальной и инновационной работе. Активно ведется работа по участию воспитанников Центра в городских, областных и международных конкурсах и фестивалях, выставках детского творчества: Всероссийский молодежный фестиваль военно-патриотической песни «Димитриевская суббота» (Диплом II степени), Международная экологическая акция «Марш парков» (Дипломы I,II степени), Всероссийский конкурс детского художественного творчества «Моя семья» (Диплом I степени), Региональный первый открытый туристический слет среди команд воспитанников и сотрудников социозащитных учреждений Ханты-Мансийского автономного округа - Югры» «Вызов» (Диплом за 1 место).