История Ханты-Мансийской государственной медицинской академии начинается в 1994 году, когда постановлением Главы Администрации Ханты-Мансийского автономного округа А.В. Филипенко в г. Ханты-Мансийске был создан Окружной медицинский колледж при Тюменском государственном медицинском институте. В 1999 году на базе колледжа распоряжением Губернатора округа был создан Ханты-Мансийский государственный медицинский институт. В 2005 году институт был реорганизован путем присоединения к нему старейшего образовательного учреждения автономного округа - медицинского училища. Медицинское училище было открыто в 1934 году решением Народного комиссариата здравоохранения РСФСР в п. Остяко-Вогульске (ныне г. Ханты-Мансийск) как фельдшерско-акушерская школа для подготовки медицинских кадров из числа коренных народов Севера.

В декабре 2009 года по результатам проведенной экспертизы образовательных программ, реализуемых институтом, качества подготовки выпускников Федеральной службой по надзору в сфере образования и науки институт был аккредитован как государственное образовательное учреждение высшего профессионального образования с установлением вида «академия». В структуре академии действует три факультета: лечебный, среднего медицинского профессионального образования, последипломного образования. В академии обучается более 700 студентов, большая часть которых является жителями автономного округа.