Институт создавался на базе существующих в то время в Ханты-Мансийске научных учреждений: лаборатории Сибирского отделения академии наук СССР (Е.И. Ромбандеева) и кабинета родного языка Института усовершенствования учителей (Е.А. Нёмысова). Первым руководителем Института была назначена кандидат педагогических наук Немысова Евдокия Андреевна. Неоценимую помощь в становлении института как научно-исследовательского учреждения оказали доктор исторических наук Лукина Надежда Васильевна и венгерская исследовательница, кандидат исторических наук Шмидт Ева Адамовна. Одновременно на территориях компактного проживания хантов, манси и лесных ненцев шла работа по созданию фольклорных архивов и фондов. В 1991 году был образован Белоярский архив северных хантов (руководитель Е. Шмидт), в 1993 году – Берёзовский научный фольклорный фонд народа манси (руководитель С.А. Попова), в 1994 году – окружной научный фольклорный архив (руководитель Т.А. Молданова), который влился в состав института и стал одним из его отделов. Впоследствии были созданы Сургутский (руководитель А.С. Сопочина) и Нижневартовский (руководитель Ю.К. Айваседа) научные фольклорные архивы, которые в 2005 году вошли в состав Института. В 2000 году Институт был переименован в НИИ обско-угорских народов (директор М.А. Лапина), а в 2002 году – в НИИ угроведения (директор Т.В. Волдина). В 2005 году НИИ угроведения и Окружной научный фольклорный архив коренных малочисленных народов Севера, объединившись, образовали Обско-угорский институт прикладных исследований и разработок. Возглавила институт С.А. Попова. В 2014 году в Институте состоялось открытие Общественного музея Науки и Образования. За годы существования института сложилась интересная коллекция мемориальных предметов, состоящая из рукописей, книг, личных вещей выдающихся ученых финно-угроведов. В настоящее время руководит институтом кандидат исторических наук, этнограф Сподина Виктория Ивановна.