Родилась в д. Лямино Сургутского района. Окончила Тобольский библиотечный техникум, Ленинградский институт культуры им. Н.К. Крупской, в 1974 году факультет хорового дирижирования этого же института. С 1955 года начала трудовую деятельность художественным руководителем городского Дома культуры, затем была учителем музыки и пения, преподавателем теоретических дисциплин в детской музыкальной школе, с 1983 года - ее директором. В 1995 году по ее инициативе школа была реорганизована в среднюю экспериментальную специализированную школу русской культуры им. А.С. Знаменского. В 1990 году по ее инициативе создана общественная организация «Общество русской культуры». В 1994 году общество получило статус регионального. С 1991 года по ее инициативе в Сургуте, а затем и в Ханты-Мансийске проводится праздник славянской письменности и культуры, а с 2002 года – Дни славянской культуры и письменности. С 1992 года под ее руководством совершаются экспедиции «Славянский ход», в ходе которых собирается богатейший фольклорный, этнографический материал, предметы быта и культуры русских старожилов Западной Сибири и обских угров. С 2003 года в городах Ханты-Мансийского автономного округа ежегодно обществом проводятся «Пасхальные хоровые ассамблеи» – духовные песнопения в исполнении детских и взрослых певческих коллективов. Ветеран труда (1986), заслуженный работник культуры РСФСР (1988), член-корреспондент Петровской академии искусств и культуры (1997), почетный гражданин Ханты-Мансийского автономного округа (2003). Дважды награждена благодарственными письмами Губернатора Ханты-Мансийского автономного округа, Почетной грамотой Министерства культуры РСФСР и Центрального комитета профсоюза работников культуры. Член Совета Общественной палаты Ханты-Мансийского автономного округа – Югры. В 2017 году в честь 80-летнего юбилея митрополит Ханты-Мансийский и Сургутский Павел вручил Екатерине Лоншаковой награду Русской православной церкви – орден преподобной Евфросинии, великой княгини Московской, за «труды на ниве духовно-нравственного воспитания». Во время проведения в Сургуте Дня Архивной Службы Югры в апреле 2017 года, одним из главных событий стала торжественная передача личных документов Екатерины Владимировны Лоншаковой в Сургутский городской архив. Скоропостижно скончалась после продолжительной болезни 26 ноября 2018 года.