В 2008 году в целях оптимизации сети муниципальных общеобразовательных учреждений было издано постановление главы города Нефтеюганска № 959 от 30.05.2008 «О реорганизации муниципальных общеобразовательных учреждений», согласно которому была утверждена реорганизация с 02.06.2008 муниципального общеобразовательного учреждения «Основная общеобразовательная школа № 16» и муниципального общеобразовательного учреждения «Лицей» путем слияния, образовав муниципальное общеобразовательное учреждение «Средняя общеобразовательная школа № 16», которое в свою очередь переименовано в муниципальное общеобразовательное учреждение «Лицей № 1» с 23.10.2008, а с 22.07.2011 - муниципальное бюджетное общеобразовательное учреждение «Лицей № 1» департамента образования и молодежной политики администрации города Нефтеюганска. С первых дней и по настоящее время директором образовательного учреждения назначена Лукьянчикова Татьяна Ивановна. Основными задачами лицея являются формирование социально-адаптивной личности гражданина, руководствующегося общечеловеческими ценностями и освоившего систему знаний, умений, навыков, приемов, самостоятельной деятельности на уровне федерального государственного образовательного стандарта общего образования.

На сегодняшний день в МБОУ «Лицей № 1» работают около 70 человек. С 2015 года образовательному городскому учреждению «Лицей № 1» присвоен статус региональной инновационной площадки по программе развития математического образования в условиях внедрения федеральных государственных образовательных стандартов, который реализуется успешно на протяжении нескольких лет наряду с другими инновационными проектами, в том числе по предметному преподаванию, межпредметному взаимодействию, совокупности учебной и внеучебной деятельностей, реализации воспитательных задач и творческого развития личности ребенка. Лицеисты являются яркими участниками культурной, спортивной, интеллектуальной, научной и общественной жизни в городе Нефтеюганске, покоряют окружные и федеральные площадки своими достижениями и проектами, выступают примером гражданской активности для молодежи Нефтеюганска.