В год открытия школа распахнула двери для 1290 учеников, было сформировано 39 классов, работало 63 учителя, а в классах насчитывалось до 40 учеников. В параллелях был даже класс «з», только первых классов было открыто семь. В 2005 году школа расширилась за счет слияния с начальной школой №4. С 1 сентября 2020 года на базе муниципального автономного общеобразовательного учреждения Белоярского района «Средняя общеобразовательная школа № 3 г. Белоярский» функционируют два класса правоохранительной направленности. 29 сентября 2020 года состоялось открытие центра цифрового и гуманитарного профильного образования «Точка роста» на базе школы. В 2020 году - школа №3 по итогам IV Всероссийского конкурса «Школа – территория здоровья» в Ханты-Мансийском автономном округе – Югре заняла 2 место.